香港进入回归祖国过渡期后，中英两国政府在解决香港问题上前期合作基本顺利。1989年后特别是苏东剧变后，英国政府错误地估计形势，违背中英联合声明的有关规定，在香港平稳过渡问题上设置重重障碍，阻扰和对抗中国政府对香港恢复行使主权。对此，我们党和政府进行了针锋相对的有理有利有节的斗争。
为确保香港平稳过渡和维持香港长期繁荣稳定，1992年底，党中央提出“以我为主，两手准备”的方针。此后，中国政府根据香港特别行政区基本法加紧对香港恢复行使主权的准备和筹建香港特别行政区的有关工作。1996年12月11日，香港特别行政区第一届政府推选委员会以无记名投票方式，选举董建华为香港特别行政区第一任行政长官人选。12月16日，中央政府任命董建华为香港特别行政区第一任行政长官。至此，香港回归祖国的各项准备工作基本就绪。
1997年6月30日午夜，香港会议展览中心灯火通明，举世瞩目的中英两国政府香港交接仪式在这里举行。6月30日23时59分，英国国旗和香港旗缓缓降下，象征着英国对香港一个半世纪的殖民统治宣告结束。7月1日零时，乐队奏响中华人民共和国国歌，中华人民共和国国旗和中华人民共和国香港特别行政区区旗冉冉升起。中华人民共和国主席江泽民庄严宣告：中国政府对香港恢复行使主权。
历经百年沧桑的香港胜利回到祖国的怀抱，洗刷了中华民族百年耻辱，完成了实现祖国完全统一的重要一步。这是彪炳中华民族史册的千秋功业。香港同胞从此成为祖国这块土地上的真正主人，香港从此走上同祖国共同发展、永不分离的宽广道路。
在香港回归的各项准备工作紧张进行的同时，澳门回归的步伐也在加快。1999年5月15日，澳门特别行政区第一届政府推选委员会以无记名投票方式，选举何厚铧为澳门特别行政区首任行政长官人选。5月20日，中央政府任命何厚铧为澳门特别行政区第一任行政长官。
1999年12月19日午夜至20日凌晨，中葡两国政府举行澳门交接仪式。中华人民共和国主席江泽民庄严宣告：中国政府对澳门恢复行使主权。
著名诗人闻一多1925年创作的《七子之歌》，抒发和表达的澳门同胞渴望回到祖国怀抱的强烈期盼，在这一刻成为现实。澳门的胜利回归，是中国人民在完成祖国统一大业道路上树立的又一座丰碑。
回归祖国后，香港、澳门作为直辖于中央政府的特别行政区，重新纳入国家治理体系。中央政府依照宪法和特别行政区基本法对香港、澳门实行管治，与之相应的特别行政区制度和体制得以确立。香港、澳门同祖国内地的联系越来越紧密。面对亚洲金融危机的严重冲击和国际经济环境变化的不利影响，在中央政府的有力支持下，特别行政区政府沉着应对，各界人士携手努力，妥善处理一系列经济和社会问题，保持了香港、澳门经济和社会的稳定与繁荣。事实充分表明，“一国两制”是解决历史遗留的香港、澳门问题的最佳解决方案，也是香港、澳门回归后保持长期繁荣稳定的最佳制度安排。
随着祖国大陆的发展，经过两岸同胞的多年努力，1987年10月，台湾国民党当局有限制地开放探亲。11月，第一批探亲台湾同胞经香港赴大陆。至此，长达38年之久的两岸隔绝状态被打破，两岸人员往来和经济文化交流逐步展开。
在此基础上，党中央稳步推进海峡两岸关系的发展。1992年3月，海峡两岸关系协会与台湾海峡交流基金会开始进行事务性商谈。11月，双方就如何表述坚持一个中国原则的问题，达成“海峡两岸同属一个中国，共同努力谋求国家统一”的共识，后被称为“九二共识”。1993年4月，海协会会长汪道涵同台湾海基会董事长辜振甫在新加坡成功举行会谈，签署《汪辜会谈共同协议》等四项协议，建立了两岸制度化联系与协商机制，标志着两岸关系迈出了重要一步。1994年3月，八届全国人大常委会第六次会议通过《中华人民共和国台湾同胞投资保护法》，将保护台商投资纳入法制化轨道，进一步促进了两岸经济关系的发展和其他方面交流的扩大。
但是，台湾地区领导人李登辉上台后，在美国等外部反华势力的支持和纵容下，逐步背弃一个中国原则，“台独”活动趋于猖獗。党中央科学分析台湾局势，认为既要遏制“台独”分裂势力，打击其嚣张气焰，又要深入研究“和平统一、一国两制”方针在新形势下的运用和发展。1995年1月30日，在中华民族的传统节日春节来临之际，江泽民发表《为促进祖国统一大业的完成而继续奋斗》的讲话，提出现阶段发展两岸关系、推动祖国和平统一进程的八项主张，强调：坚持一个中国的原则，是实现和平统一的基础和前提。我们不承诺放弃使用武力，决不是针对台湾同胞，而是针对外国势力干涉中国统一和搞“台湾独立”的图谋的。讲话既体现中国政府完成祖国统一大业的坚定决心，又充分考虑到台湾同胞的愿望和台湾的实际情况，引起海内外高度关注和积极反响。
然而，李登辉在搞“台独”、搞分裂的路上愈走愈远。1995年6月，李登辉以所谓私人名义访美，公然在国际社会制造“两个中国”，1999年7月，他又抛出所谓“两国论”。2000年3月，台湾民进党领导人陈水扁上台后，拒不接受一个中国原则