20世纪90年代，党中央科学分析自身建设面临的新形势，积极探索在发展社会主义市场经济条件下加强党的建设的目标、任务和途径，采取一系列重大举措加强和改进党的建设。
1994年9月，党的十四届四中全会作出《中共中央关于加强党的建设几个重大问题的决定》，把新时期党的建设提到“新的伟大工程”的高度，明确提出了党的建设的总目标。党的十五大把这个总目标进一步表述为：要把党建设成为用邓小平理论武装起来、全心全意为人民服务、思想上政治上组织上完全巩固、能够经受住各种风险、始终走在时代前列、领导全国人民建设有中国特色社会主义的马克思主义政党。
根据世纪之交世情、国情、党情的深刻变化，2000年1月，江泽民在十五届中央纪委第四次全会上强调，治国必先治党，治党务必从严。治党始终坚强有力，治国必会正确有效。他完整提出“提高领导水平和执政水平、增强拒腐防变和抵御风险的能力”两大历史性课题，要求全党认真研究和解决，使党更加坚强有力、更加朝气蓬勃，带领全国各族人民继续胜利前进。
党的建设总目标和两大历史性课题的提出，升华了党对自身建设规律的认识，丰富了马克思主义建党学说，适应了发展社会主义市场经济对党的建设的新要求，为新的历史条件下加强和改进党的建设指明了方向。
按照党的建设总目标要求，围绕两大历史性课题，在跨世纪发展征途中，党中央紧密结合推进改革开放和发展社会主义市场经济的实践，扎实推进党的各方面建设，取得新的重大进展。
这一时期，党中央坚持用邓小平理论武装全党、教育干部和人民；把思想政治工作作为经济工作和其他一切工作的生命线，继承和发扬党的优良传统，在内容、形式、方法、手段、机制等方面不断创新和改进；按照总揽全局、协调各方的原则，进一步加强和改善党的领导，既保证党委的领导核心作用，又充分发挥人大、政府、政协及人民团体等方面的作用；按照“集体领导、民主集中、个别酝酿、会议决定”的原则，进一步完善党委内部的议事和决策机制，建立健全领导、专家、群众相结合的决策机制，逐步完善科学决策、民主决策制度；高度重视培养选拔优秀年轻干部，加快各级领导层的新老交替步伐；制定实施机关、高校、国企、农村、社团、非公等基层组织工作条例和意见，指导和推动各个领域党的基层组织建设。这些措施，使党的自身建设得到了明显加强，保证了改革和建设事业的健康发展。
随着社会主义市场经济的发展，我国出现了新的社会阶层和新经济组织、新社会组织。为适应新情况，党中央及时提出“增强党的阶级基础、扩大党的群众基础”的要求，加快在新经济组织、新社会组织中组建党组织，不断扩大党的工作覆盖面。从2001年8月起，开始在新的社会阶层中进行发展党员的试点工作。
加强领导班子建设、提高领导干部素质，是推进党的建设新的伟大工程的关键所在。1995 年11月，江泽民在北京考察工作时提出，必须把教育干部特别是教育领导干部摆在突出位置、作为关键的一环来抓，向各级领导干部提出了“讲学习、讲政治、讲正气”的要求。讲学习、讲政治、讲正气，三者是紧密相连、相互统一的，核心是讲政治，讲政治必须坚持学习、必须体现在讲正气上。1998年11月至2000年底，全党在领导班子和领导干部中分期分批开展以讲学习、讲政治、讲正气为主要内容的党性党风教育。
“三讲”教育是新的历史条件下加强党的建设特别是领导班子建设、领导干部思想政治建设的一次创造性探索性的实践，是延安整风精神和党的“三大作风”在历史新时期的丰富和发展。广大干部在“三讲”教育中切实拿起批评与自我批评的武器，广泛听取群众意见，查找领导工作中及自身存在的问题，开展积极健康的思想斗争，普遍受到一次深刻的马克思主义教育，经受了一次党内政治生活的严格锻炼。
改革开放新阶段，在各级党组织的积极推动下，广大党员干部自觉加强党性锻炼，努力提高自身素质，始终站在时代前列，涌现出以孔繁森为代表的一大批优秀共产党员。孔繁森两次进藏工作，历时十载，呕心沥血，忘我工作，艰苦奋斗，政绩卓著，不幸于1994年因公殉职，被誉为“领导干部的楷模”。这些优秀共产党员充分展示了当代共产党人的风采，成为改革开放和现代化建设的时代先锋。
在改革开放和发展社会主义市场经济新条件下，党中央坚持把党风廉政建设和反腐败斗争作为关系党和国家生死存亡的大事来抓。1993年8月，江泽民在十四届中央纪委第二次全体会议上提出要从三个方面着手做好反腐败工作：一是各级党政领导干部要带头廉洁自律；二是集中力量查办一批大案要案： 三是紧紧抓住本地区本部门本单位的突出问题，刹住群众最不满意的几股不正之风。此后，党中央、国务院着重抓了对各级党政领导干部廉洁自律情况的监督检查、集中力量查办大案要案、狠刹群众反映强烈的不正之风三个方面的工作，逐步形成了反腐败三项工作格局。
为了加强反腐倡廉工作，党中央、国务院进一步健全相关机构。1993年1月，中央纪委、监察部合署办公。1995年11月，最高人民检察院反贪污贿赂总局成立。这一时期，党中央制定《中国共产党